Ликвидация может рассматриваться как способ получения имущества (особенно недвижимости) участником ООО. На практике для этих целей может использоваться также выход участника с выплатой действительной стоимости доли. Однако данный способ по сравнению с ликвидацией имеет определенные налоговые риски, указанные ниже.
При выплате действительной стоимости доли путем передачи имущества при выходе участников, у общества возникает обязанность исчислить и заплатить НДС с разницы между рыночной стоимостью передаваемого имущества и первоначальным взносом участников, т.к. по мнению контролирующих органов такое превышение признается реализацией имущества (п. 5 ст. 39, пп. 1 п. 2 ст. 146 НК РФ).
Что касается налога на прибыль, контролирующие органы придерживаются позиции, что с разницы между рыночной стоимостью передаваемого имущества и первоначальным взносом участников общество должно исчислить и заплатить налог на прибыль (п.1 и пп. 5 п. 3 ст. 39, п. 1 и п. 2 ст. 249 НК РФ, Письмо от 25.03.2021 N 03-11-06/2/21517). Хотя разъяснения даны плательщикам УСН, но они могут быть применены и к налогу на прибыль (п. 1 ст. 346.15 НК РФ). При этом Конституционный Суд РФ рассмотрел вопрос определения размера дохода у общества на УСН при выходе участника и предписал облагать доход общества в размере действительной стоимости доли на момент после перехода ее к обществу (Постановление Конституционного Суда РФ от 21.01.2025 N 2-П).